古代书院有三种类型，即讲学的书院、庙祀的书院、课士的书院。清代全省性课士的书院有鳌峰、凤池、正谊、致用四所，称为省城四大书院。鳌峰、凤池两院，是教育生员和童生；正谊书院主教育举贡；致用专门研究经史兼教举贡生员，其对象各有不同。
正谊书院创建于清同治9年（1870年），与创办于1817年的凤池书院紧挨在一起，1902年两座书院合并更名为“全闽大学堂”，是福建最早的公立学校。1951年，“全闽大学堂”正式更名为福州第一中学。
正谊书院的前身为“正谊书局”，设在福州城内新美里（今城内黄巷），这所书局是闽浙总督左宗棠在清同治五年（1866）所创立。书局以校、刊理学总集为主要任务，选举人和五贡（拔贡、优贡，副贡、恩贡、岁贡）百人入局工作，月发津贴银五两，中间寄托“养士”、“劝学”之意旨。共刻成书籍五百二十五卷，定名为《正谊堂全书》。
后来，地方绅士杨庆琛、沈葆桢联函镇闽将军英柱，请求改书局为书院，专教十郡的举人、贡生。时兼署总督的英柱接受他们的建议，决定购买骆舍铺（现东街省图书馆旧址）民房改建书院。清同治九年（1870年）书院建成。取汉儒董仲舒语“正其谊不谋其利，明其道不计其功”之意，又因书院由正谊书局演化而成。所以，定名为“正谊书院”。
正谊书院首任山长是道光十六年（1836年）状元林鸿年，曾任云南巡抚。太平军初起时，袭云南边境，林鸿年初次闻警，便弃城而逃。所以，被劾去官。回福福州原籍后，任正谊书院山长。虽然他常以“状元”二字梗于胸中，脾睨一切，但在书院主讲十九年，还是造就了很多人才。如叶大焯、陈宝深、林纤、陈衍、吴增棋等皆是当时待出人才。
所以，正谊书院对于晚清文学界起了推进的积极作用。
书院旧址门额上有一块青石阴刻横匾，上书“正谊书院”四个大字，是当时闽籍书法家、郑孝胥叔公郑世恭题写。书院内还有首任山长林鸿年题写的一副楹联：“客皆当代要津，到此地只谈风月；我本昔年都讲，愿诸生共筮云雷”。
清光绪三十二年（公元1906年）清朝廷明令“废除科举，广设学堂”、“改书院、办学堂”的改革措施，从此福州各书院也就逐渐转为办学堂讲授新学。自此，书院全部消亡。
继鳌峰书院易址重建后，从2008年开始，福州市级文物保护单位——总建筑面积394.8㎡的正谊书院全面翻新重建，拆除原先残破的建筑，按照清初正谊书院的原貌进行重建，预算工程造价约95万元。
目前，正谊书院以崭新的面貌出现在东街省图书馆旧址。修复后的正谊书院为单进，外观简朴，依然为福州传统民居的制式。双坡屋顶，四面封火墙，穿斗式木构架。正门为木制双开门，进门后是插屏门，石铺天井，三面环廊。面阔三间，进深七柱出游廊，东西厢房，厅堂中有插屏门，插屏门后为后厅堂，还有后天井。纵观书院，没有雕梁画栋，为简约型的民居。
修复前的正谊书院。
当时，由闽籍书法家、郑孝胥叔公郑世恭题写的“正谊书院”四个大字。
修复后的正谊书院。
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